Filmens hovedperson, Basil Mus, såvel som store deler av filmen, er basert på historiene om Sherlock Holmes. Da leketøysmakeren Rustimus blir bortført henvender hans datter Olivia seg, via Dr. David Dawson, til Basil Mus i Baker Street. Det viser seg at kidnapperen er en trebent flaggermus ved navn Flagre, som arbeider for «forbryternes Napoleon», professor Rottenikken. Rottenikken vil tvinge Rustimus til å lage en robotkopi av selveste musedronningen, for slik å ta kontroll over hele museriket.